Bir sıra tarixçilər mənbələrə əsaslanaraq deyirlər ki, muxtar respublikanın Culfa rayonunun ərazisində yerləşən Əlincəqala iki min il bundan əvvəl inşa olunub. Yazılı qaynaqlarda isə qalanın adı VI əsrdən etibarən xatırlanır.

AZƏRTAC-ın Naxçıvan bürosu xəbər verir ki, qalanın adının qeyd olunduğu ən qədim mənbə “Kitabi-Dədə Qorqud” dastanıdır. Əlincəqala haqqında tarixçilərdən Nəsəvi (XIII əsr), Şərafəddin Əli Yəzdi (XV əsr), türk səyyahı Övliya Çələbi (XVII əsr) və başqaları məlumat veriblər.

Vaxtilə Azərbaycan ərazisində mövcud olmuş feodal dövlətlərin məhz Əlincəqalanı strateji ərazi kimi nəzarətdə saxlamağa çalışması təsadüfi deyildi. Bu qalanın Atabəylər dövründə dövlət üçün nə dərəcədə əhəmiyyətli olduğunu Sədrəddin Əli əl-Hüseyni “Əxbar əd-dövlət əs-Səlcuqiyyə” əsərində də qeyd edib. Onun yazdıqlarından aydın olur ki, ilk Eldəniz hökmdarları dövründə İraq və Azərbaycandan yığılan bütün gəlirlər məhz Əlincəqaladakı xəzinədə toplanıb. Mənbələrdən də aydın olur ki, bəzi dövrlərdə Əlincəqaladakı xəzinəyə sahiblənmək uğrunda ciddi mübarizə gedib.

Əlincəqalanın müdafiə sistemi o dərəcədə möhkəm olub ki, hətta bir çox Eldəniz hökmdarları ən çətin vaxtlarda məhz bura sığınıblar. Məsələn, sonuncu Atabəy Özbəyin dövründə dövlətin Təbrizdən idarə olunmasına baxmayaraq, dağıdıcı monqol hücumlarından qorunmaq üçün o, Naxçıvanda məskunlaşmağa çalışıb. İbn əl-Əsir 12 cildlik “Mükəmməl tarix” əsərində bu haqda yazıb: “Təbrizin əsl hakimi Özbək Pəhləvan oğlu oranı buraxıb getmişdi. Çünki o, fəaliyyətsiz bir əmir idi. ...Tatarların Həmədandan çıxıb gəlməkdə olduqlarını eşitdikdə özü Təbrizi buraxıb Naxçıvana getmiş və ailəsini özündən uzaqlaşdırmaq üçün Xoya göndərmişdi”. Məlumatlardan o da aydın olur ki, Özbək Naxçıvana gəldikdən sonra Əlincəqalaya çəkilib. Azərbaycan Atabəylər dövlətinin ən qüdrətli dövrlərində buranın xüsusi iqamətgaha çevrilməsi ərazinin və qalanın əhəmiyyətini bir daha göstərir.

Tarixi mənbələrdə qeyd edilir ki, Əlincə XIII-XIV əsrlərdə Hülakülərin, XIV əsrin ikinci yarısında isə Cəlairilərin hakimiyyəti altında olub. XIV əsrin 80-90-cı illərində qala dünyanın ən güclü hərbi qüvvələrini məğlubiyyətə uğradan Əmir Teymura qarşı mübarizənin əsas istinadgahına çevrilib və 14 il mərdliklə müdafiə olunub.

Naxçıvan Muxtar Respublikasında bu gün milli tariximizə, mədəniyyətimizə göstərilən diqqət Əlincədən də yan keçməyib. Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Sədrinin “Naxçıvan Muxtar Respublikası ərazisindəki tarix və mədəniyyət abidələrinin qorunması və pasportlaşdırılması işinin təşkili haqqında” 2005-ci il 6 dekabr tarixli Sərəncamının icrası ilə əlaqədar muxtar respublika ərazisindəki tarix və mədəniyyət abidələri qeydə alınıb pasportlaşdırılarkən Əlincəqala haqqında da məlumatlar toplanılıb, Azərbaycan tarixinin yeni səhifələrinin açılmasına işıq salınıb. Bu abidə 2007-ci ildə dünya əhəmiyyətli abidələrin siyahısına daxil edilib. “Muxtariyyət ili”nin əvvəllərində – 2014-cü il fevralın 11-də isə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin Sədri tərəfindən “Culfa rayonundakı “Əlincəqala” tarixi abidəsinin bərpa edilməsi haqqında” Sərəncam imzalanıb. Həmin sərəncamdan sonra qala bərpa edilərək Azərbaycan xalqına qaytarılıb. 2016-cı il iyunun 17-də “Əlincəqala” tarixi abidəsi və muzeyinin açılışı olub.