Marafon qaçışının təşkili ideyasını ilk dəfə 1896-cı ildə fransız filoloq Mişel Breal irəli sürüb. Bu təşəbbüsü müasir Olimpiya oyunlarının əsasını qoyan Pyer de Kuberten və digər yunan təşkilatçılar dəstəkləyiblər.

Marafon qaçışının tarixi  qədim Yunanıstanla bağlı olsa da, o zaman belə bir idman növü olmayıb. Marafon qaçışının yaranması çox maraqlı tarixi hadisə ilə bağlıdır. Əhəmənilər dövlətinin hökmdarı I Dara Yunanıstana hücum edərək bir sıra yunan şəhərlərini özünə tabe edir. Marafon şəhəri uğrunda e.ə. 490-cı ildə baş verən döyüşdə afinalılar qalib gəlir. Rəvayətə görə, Afina döyüşçülərindən biri - Fidippid Marafon həmyerlilərinə qələbə xəbərini çatdırmaq üçün dayanmadan doğma şəhərinə doğru qaçır və şəhərə gəlib çatan kimi “Sevinin, afinalılar, biz qalib gəldik!” deyərək ölür.

Afinalı döyüşçünün Marafondan Afinaya qədər qaçması 1896-cı ildə Beynəlxalq Olimpiya Komitəsi tərəfindən yeni yarış növünün - marafon qaçışının təsis olunmasına gətirib çıxarır. 1896-cı ildə Beynəlxalq Olimpiya Komitəsi Marafon döyüşünün baş verdiyi ərazidən Afinaya qədər həqiqi məsafəni ölçüb və onun 34,5 kilometr olduğu müəyyən edilib. 1896-cı ildə keçirilən ilk müasir Olimpiya oyunlarında və 2004-cü ilin Olimpiya oyunlarında marafon qaçışı Marafon düzənliyindən Afinaya qədər olan məsafə üzrə keçirilib.

Marafon 1896-cı ildən Olimpiya oyunlarında kişilər, 1984-cü ildən isə qadınlar arasında yüngül atletika yarışlarının proqramına daxil edilib.